剧中的谭允贤爱谁，其实已经有不少的消息透露出来了，在剧中朱祁钰这个角色比较复杂，而由黄轩所饰演的这个角色其实才是谭允贤的真爱，他和谭允贤两人是最早相识也因此相爱，不过哥哥朱祁镇也爱上了谭允贤最终使得两人反目，在剧中的朱祁钰可以说是命运坎坷，因此性格也变得极为的复杂，不过他对谭允贤的感情是真挚的。
在剧情中朱祁镇因为土木堡之变而被掳到漠北，谭允贤因此也跟随而去，此时的朱祁钰则在大臣们的安排下登基为帝，多年之后朱祁镇回到了大明，朱祁钰却也因为权力和因为朱祁镇导致自己心爱的女人离开数年而怀恨在心，不过谭允贤还是又和朱祁钰一起的，因此朱祁钰还废掉了一任皇后，并且谭允贤还怀上了朱祁钰的孩子，可惜最终朱祁钰英年早逝，朱祁镇再次的登基为敌，而谭允贤之前愿意嫁给朱祁钰，可见他的心中爱着的还是朱祁钰。
另一种说法是：土木堡之变后，允贤随英宗流落异族部落，部落首领也先被她所吸引，但两人之间巨大的差异让允贤拒绝了部落首领的爱。英宗为了保护允贤不惜舍弃皇帝的尊严，一直为她挡风遮雨。
三年后，英宗寻机会带着允贤逃回大明，却发现自己挚爱的弟弟已被拥立为王。祁钰尝到大权在握的滋味不肯让位，也为了心爱的女子在哥哥身边多年怀恨在心，兄弟反目成仇。英宗被圈禁，允贤被关在宫中，两个有情人相爱却不能在一起。至此在经历了这么多人生的坎坷波折之后，允贤终于意识到一直默默守候在身边的英宗才是她的真爱。
一切尘埃落定后，允贤在英宗的帮助下，从救人身体到救人灵魂，从救民到救国，实现了自己许下的宏远，开创了中国古代女医制度，并写下了著名的《女医杂言》
看完女医明妃传小说结局让人想弃剧，因为接下来的剧情很虐，男二朱祁钰黑化了，男一朱祁镇从头到尾没有和女主相爱（虽然女主对他有好感）。后来男二朱祁钰强奸了谈允贤致其怀孕。最后男二朱祁钰被他妈气死了，他母亲却要拉女主陪葬。朱祁镇重新当皇帝废了陪葬制 女主逃脱时流产，然后男主允许女子为医，大结局是谈允贤一个人浪迹天涯救人。
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